ggtree–通用函数

本节是对前四节的补充，它们大多是一些通用的函数。

• %<+%：类似于full_join()，但是直接在ggplot对象中添加新的数据
• hexpand(), vexpand()：延长树图的宽度和高度
• get_taxa_name()：获取ggplot图中taxa的顺序和名称
• label_pad()：设置label的间隔
• identify()：获取ggplot对象中的数据

加载一颗基本树

suppressMessages(library(tidyverse))
suppressMessages(library(treeio))
suppressMessages(library(ggtree))
# library(ggimage)

nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package = "treeio")
tree <- treeio::read.tree(nwk)
tree$node.label <- c("root", paste("node", 2:treeio::Nnode(tree)))
p <- ggtree(tree)

%<+%

%<+% 固定使用数据第一列与p$data中的label列进行匹配。

fortify(tree)
#> # A tbl_tree abstraction: 25 × 9
#> # which can be converted to treedata or phylo 
#> # via as.treedata or as.phylo
#>   parent  node branch.length label isTip     x     y branch angle
#>    <int> <int>         <dbl> <chr> <lgl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
#> 1     20     1             4 A     TRUE     48    12   46    332.
#> 2     20     2             4 B     TRUE     48    13   46    360 
#> 3     19     3             5 C     TRUE     43    11   40.5  305.
#> 4     18     4             6 D     TRUE     36    10   33    277.
#> 5     17     5            21 E     TRUE     48     9   37.5  249.
#> 6     22     6             4 F     TRUE     48     7   46    194.
#> # ℹ 19 more rows
d <- data.frame(tip = LETTERS[1:13], value = 1:treeio::Ntip(tree))
(p %<+% d)$data
#> # A tbl_tree abstraction: 25 × 10
#> # which can be converted to treedata or phylo 
#> # via as.treedata or as.phylo
#>   parent  node branch.length label isTip     x     y branch angle value
#>    <int> <int>         <dbl> <chr> <lgl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <int>
#> 1     20     1             4 A     TRUE     48    12   46    332.     1
#> 2     20     2             4 B     TRUE     48    13   46    360      2
#> 3     19     3             5 C     TRUE     43    11   40.5  305.     3
#> 4     18     4             6 D     TRUE     36    10   33    277.     4
#> 5     17     5            21 E     TRUE     48     9   37.5  249.     5
#> 6     22     6             4 F     TRUE     48     7   46    194.     6
#> # ℹ 19 more rows

hexpand(), vexpand()

text的长度在ggplot中不被考虑，很多时候文本注释信息会在图中显示不全被截断。

当使用coord_cartesian(clip = "off")时，超出边界的文本不会被裁剪，但仍然可能仍然无法显示。需要将x，y轴延展。

tree2 <- tree
tree2$tip.label <- paste0('to make the label longer_', tree2$tip.label)
ggtree::ggtree(tree2) + geom_tiplab() + hexpand(.4)

get_taxa_name()

获取taxa名称，顺序以树图中展示的为准。

get_taxa_name(p)
#>  [1] "B" "A" "C" "D" "E" "G" "F" "H" "L" "K" "J" "I" "M"
get_taxa_name(p, node = "node 12")
#> [1] "L" "K"

label_pad()

用来将label对齐，不足的部分使用某个字符填充。

chr <- c("a", "b", "cccccccc")
tibble::tibble(
  label = chr,
  label_pad = label_pad(label, pad = "."),
  label_pad_2 = label_pad(label, justify = "left", pad = ".")
)
#> # A tibble: 3 × 3
#>   label    label_pad label_pad_2
#>   <chr>    <chr>     <chr>      
#> 1 a        .......a  a          
#> 2 b        .......b  b          
#> 3 cccccccc cccccccc  cccccccc

identify()

使用identify()函数，可以手动选择注释clade或tip（可能需要使用Rstudio）。